在远古时代，斯洛文尼亚的居民为古凯尔特人及古伊利里亚人。罗马帝国经过长达两百年与当地民族的冲突以后，于1世纪时开始对该地进行统治，并在当地建立多个城市。

从6世纪起，斯洛文尼亚民族的祖先古斯拉夫人渐渐在此地定居。7世纪时当地兴起了第一个斯洛文尼亚族国家，Carantania公爵国。745年该国由法兰克帝国吞并，许多斯拉夫人自此转信天主教。

1000年左右书写的Freising manuscripts（弗莱兴手抄本）为斯洛文尼亚语现存最早的文字记录，也是历史上第一个以拉丁字母书写的斯拉夫语言。14世纪时斯洛文尼亚大部分成为哈布斯堡王朝的领地，该王朝即奥匈帝国的建立者。拿破仑时代斯洛文尼亚曾一度成为法国的伊利里亚诸省的一部分。

1848年，奥匈帝国内地方民族主义高涨，斯洛文尼亚也传出了建立统一独立的国家的呼声。

1918年，奥匈帝国在第一次世界大战中战败，旋即崩溃。斯洛文尼亚成为塞尔维亚-克罗地亚和斯洛文尼亚王国的一部分，王国于1929年更名为南斯拉夫。第二次世界大战时斯洛文尼亚大部分为德国及意大利所兼并，战后又以加盟共和国的身份重归南斯拉夫联邦。

南斯拉夫时期的斯洛文尼亚是六个加盟共和国当中最富裕的一个。南斯拉夫领导人铁托于1980年逝世后，斯洛文尼亚政府开始自行进行一系列的政治、经济改革，并于1989年9月通过修正案，重申斯洛文尼亚加盟共和国脱离联邦的权利。

1990年12月23日，斯洛文尼亚进行全民公决，88%赞成独立。1991年6月25日，斯洛文尼亚正式宣布独立。南斯拉夫随即派兵向斯洛文尼亚宣战，但十天内便在斯洛文尼亚的抵抗中撤退，双方基本没有伤亡，史称十日战争。

1992年欧洲共同体承认斯洛文尼亚为独立国家，并接纳斯洛文尼亚加入联合国。同年斯洛文尼亚正式独立。

独立后斯洛文尼亚将注意力转向西方。2004年3月斯洛文尼亚加入了北约组织，5月1日加入欧盟，在2007年1月正式启用欧元，2007年12月21日成为申根公约会员国。